Em Peruíbe há nove ilhas e uma laje marinha espalhadas na faixa costeira. Destas, sobressai-se a Ilha da Queimada Grande ou “Ilha das Cobras”, é um excelente atrativo para mergulho submarino, pois há dois navios afundados na área.

Ilha de Peruíbe: Localizada na latitude 24021’08" Sul e longitude 47058’09" Oeste, numa área de 20.250 metros quadrados, distante da costa cerca de 800 metros. Não tem praia, nem condições para atracagem, sendo bastante freqüentada para a pesca amadora de arremesso e mergulho. O tipo de fundo é de areia, não oferecendo abrigo dos ventos, tampouco água potável. Sua altitude é de 58 metros com vegetação arbustiva densa de Mata Atlântica, possuindo campo graminoso e costa rochosa.

Ilha do Guaraú: Localizada na latitude 24023’ Sul e longitude 46059’ Oeste, numa área aproximada de 184.655 metros quadrados, distante da costa 700 metros, sendo sua altitude máxima de 65 metros. A condição de atracabilidade é boa para embarcações pequenas / fundeio, não possuindo praias nem água potável, apresentando ainda ondas médias ao largo. É bastante procurada para a prática de pesca amadora de arremesso e mergulho. Abriga um farol para auxílio à navegação, sendo local de referência para a ancoragem de embarcações pesqueiras. Na ilha, encontra-se vegetação de restinga com a composição florística descrita acima, porém possui ainda árvores que chegam de 10 a 15 metros de altura, sendo Symphonia globulifera e Calaphyllum brasiliense (guanadi) as espécies mais comuns. A camada de detritos no solo é espessa e, em épocas de chuva, alguns centímetros de água podem cobrir o chão. Certas palmeiras são características, como o palmito e a uva-do-mato. O chão é forrado por bromélias, e associadas às árvores há uma infinidade de epífitas.

Ilha Queimada Pequena: Localizada na latitude 24022’ Sul e longitude 46000’ Oeste, numa área aproximada de 40.000 metros quadrados, distante da costa cerca de 17 Km. Não possui praia, nem água potável não oferecendo abrigo aos ventos e vagas. O local é procurado para prática de pesca amadora de arremesso e mergulho. A vegetação é arbustiva e densa, costa rochosa e altitude máxima e 60 metros de altura. A ilha integra a Estação Ecológica dos Tupiniquins, desde julho de 1986 (Decreto Federal 92.964/86), é também Área de Relevante Interesse Ecológico (Decreto Federal 91.887/85).

Ilha Queimada Grande: Latitude:24°29' S Longitude:46°40' W, numa área aproximada de 230.000 metros quadrados, distante da costa cerca de 8 Km. As condições de atracabilidade são favoráveis para ancoragem. Não possui praia, nem tampouco água potável, sendo que a vegetação é arbustiva e densa. É comum a pratica de pesca amadora de arremesso e mergulho. Conta ainda com variadas espécies de peixes como garoupas, budiões e caranhas. Ao sul, no Parcel de Fora, com profundidades variando entre 3 e 30 m, circulam os peixes maiores, muito cobiçados pelos caçadores. Há, ainda, no local, um farol para auxílio à navegação, sendo a altitude máxima de 1,90 metros. Esta ilha também é conhecida como Ilha das Cobras e o desembarque não é aconselhado devido ao elevado número de cobras Jararaca Ilhoa. É considerada, no meio científico, como o maior serpentário natural do mundo. Em 05/11/85 foi tombada como Área de Relevante Interesse Ecológico - ARIE (Decreto Federal 91.887). As águas do entorno da ilha são bastante claras e possibilitam uma visibilidade de 30 a 40 metros. 
Na face oeste existem dois navios naufragados. Próximo ao Saco das Bananas estão os destroços Rio Negro, sendo encontrado a profundidades que variam de 8 a 20 m. 
Em 17 de julho de 1893, naufraga na Ilha Queimada Grande o navio mercante a vapor chamado Rio Negro pertencente ao Lloyd Brasileiro. O navio, construído em 1872, era um vapor de pequeno porte, cerca de 450 toneladas, naufragou por ter se chocado com a ilha, devido ao mau tempo, ficando a uma profundidade de 12 a 18 metros.
Em 30 de agosto de 1933, naufraga na Ilha Queimada Grande o navio mercante inglês pertencente ao Lloyd Brasileiro, de nome Tocantins, construído em 1901, com 116 metros de comprimento e 4.113 toneladas de deslocamento. Logo depois da meia noite de 30 de agosto de 1933, a estação de rádio da Agência do Lloyd Brasileiro em Santos, recebia o seguinte radiograma: Naveloyd - Santos - Tocantins bateu encalhada Queimada Grande uma hora cerração fechada porão um e dois fazendo água - Tocantins Assim soube-se do que estava acontecendo ao navio de carga, construído pela J.Blummer & Co. O Tocantins que procedia do Rio Grande, em sua rota habitual da linha norte até Manaus, havia deixado o    porto de Paranguá, com destino a Santos, onde deixaria parte de sua carga de alimentos e madeira. Devido a uma espessa cerração que se abatera pela costa paulista, não pôde ver as luzes do farol automático instalado no alto da ilha, que, por sua posição a 90 metros de altura, deveria ser visto até a uma distância de aproximadamente 20 milhas. Assim que chegou a notícia e a Agência do Lloyd do Rio de Janeiro foi informada, foram enviados em seu auxílio o rebocador São Paulo, que partiu de Santos e o rebocador de alto-mar Comandante Dorat, que    partiu da Guanabara, além do cargueiro Pará que mudou sua rota atendendo ao apelo de S.O.S. O encalhe deu-se com a proa na ponta Norte da ilha com condições de mar calmo e foram claras as expectativas iniciais de salvar a embarcação, pois seu comandante, o Capitão de Longo Curso A. Catramby, expediu mais quatro radiogramas. Demonstra este intento quando diz desnecessário auxílio Pará sendo indispensável auxílio rebocador Dorat e quando pede: dois mil tijolos, cinqüenta barricas de cimento, cem barricas de areia, três carpinteiros, três pedreiros, dez quilos de pregos três polegadas e duzentos quilos de carne fresca.Pouco tempo depois, as condições climáticas mudaram, caiu um forte temporal do quadrante sudoeste fazendo com que as condições do mar mudassem drasticamente e, com isso, o Tocantins moveu-se de onde estava e começou a afundar. Inicialmente eram três metros de água que invadiram os porões e com a mudança de posição tornou-se obrigatório o abandono dos postos na casa de máquinas e porões. Em seu radiograma o comandante Catramby afirmava julgo-o perdido aguardo auxílio Pará.. Pelas 5 horas da manhã do dia 31, a estação de rádio da Ponta da Praia recebia a mensagem, vinda do vapor Pará, de que a estação Tocantins deixara de falar.A tripulação foi resgatada e levada ao Rio de Janeiro pelo rebocador Comandante Dorat sendo o casco abandonado. O naufrágio não deixou vítimas, apenas a perda da embarcação e carga, mas criou um dos pontos de mergulho mais freqüentados do litoral sul do Estado de São Paulo.Atualmente grande parte da estrutura do Tocantins já desapareceu, sua profundidade varia dos 6 ais 22 metros e pode ainda ser visto as caldeiras (que forneciam 350 n.h.p.), o eixo, muitas vigas, chaparias, tubulações e uma de suas âncoras. Estas estruturas já foram incorporadas ao fundo tornaram habitat de variada fauna tornando ainda mais interessante os mergulhos.
A partir dos 6 m já dá para ver a popa e a casa das máquinas, a proa está a 24 m.

Ilha do Boquete: Localizada na latitude 24024"5’ Sul e longitude 47000" Oeste, numa área aproximada de 10.000 metros, distante da costa apenas 500 metros. As condições de atracabilidade servem apenas para ancoragem, não possui praia, nem água potável, e as ondas são médias ao largo, sendo que todos os tipos de vento são predominantes. A vegetação é arbustiva de restinga com presença de Mata Atlântica, campo graminoso e, ainda, costa rochosa. Tem uma regular freqüência de pesca amadora de arremesso.

Ilha do Guararetama: Localiza-se de fronte à praia do Guaraú, com uma área de 1.000 metros quadrados, de só é possível a ancoragem. Trata-se de uma laje com pouca vegetação, ondas médias, onde pratica-se a pesca amadora de arremesso e o mergulho. O tipo de fundo é areia, não tem água potável e não oferece abrigo dos ventos.

Ilha do Ameixal: Ilha fluvial "volta morta", localizada no rio do Una, com uma área de 400 hectares. O tipo de fundo é de lama, sendo coberta por densa vegetação de mangue. Situa-se no interior da Estação Ecológica Juréia Itatins e, ainda, na Área de Relevante Interesse Ecológico, estando nas proximidades do vilarejo da Barra do Una.

Lage do Parnapuã: Numa área de 10.000 metros quadrados, a 900 metros da costa, completamente rochosa e sem presença de vegetação.

Ilha do Bigode: Localiza-se no rio Guaraú, dentro dos limites da Estação Ecológica Juréia-Itatins, numa área aproximada de 100.000 metros, sendo de propriedade pública. Tipo de fundo é de lama. Possui dois tipos de vegetação: manguezal e restinga Em seu interior há um sítio arqueológico de "sambaqui".