A Aldeia de São João Batista, a partir de 1640 passou a ser conhecida com essa denominação, porém a aldeia perdeu o Foro de Vila, cedendo-o aos portugueses que residiam em Itanhaém.
Pelo fato dos jesuítas estarem protegendo demais os indígenas, foram expulsos no século XVII, em meados de 1648.
Conceição de Itanhaém foi elevada à sede de Município por Carta Régia de 20 de Outubro de 1700.
Dois documentos encontrados na Biblioteca Nacional, datados de 1767 e 1769, referem-se a acontecimentos ocorridos na Aldeia de São João: os vereadores da Câmara de Itanhaém se queixavam da extinção da categoria de “índios administrados”, que constituíam a maior parte dos seus ganhos ou agências aos frades residentes.
No último quarto do século XVIII, a Aldeia de Peruíbe passa a ter uma produção para comércio de chapéus de palha, esteiras e fios de tucum. E estão em permanente disputa com os religiosos sobre o quanto, de seus proventos, devem ser deixados à igreja.
Em 1803, os índios foram consultados sobre a opção da Aldeia ser transformada em freguesia, sendo visitada por um padre secular, ou permanecer tutelada pelos religiosos franciscanos. Os índios responderam, com seu capitão à frente, que desejavam a saída dos frades. Em seguida, os franciscanos deixaram para sempre a Aldeia, levando os equipamentos que beneficiavam a vida dos índios como carros de bois e ferramentas, dentre outros.
O número de moradores de Itanhaém, abaixa devido ao êxodo da maior parte da população da Vila para o interior, atraídos pela fama das descobertas de minas de ouro e de pedras preciosas, e a economia local é relegada ao pequeno comércio de madeiras, esteiras, chapéus e fios de tucum da população local, os índios da extinta Aldeia - assim passou a ser chamada a freguesia - perderam lugar, empobreceram mais ainda. Perderam terras, alguns se mestiçaram com os caiçaras vizinhos, viviam de minguadas roças e, eventualmente, pescavam.
Ficaram com o usufruto da terra, nada mais, mas a mercê de qualquer proprietário vizinho mais aquinhoado ou mais ousado que quisesse se expandir. O processo de apropriação individual das terras comuns, como a de São João, ainda não é conhecido. Mas poucas famílias da extinta Aldeia de São João garantiram mais terreno para si e uma produção maior de farinha de mandioca, muito superior que o da maioria. João do Prado e sua família são um exemplo, o mais expressivo deles. Em 1.830 (e mesmo antes), produziam cerca de 50 alqueires anuais de farinha de mandioca.
Em 1.829, os vereadores de Itanhaém informam ao Presidente da Província de São Paulo que a única freguesia (local com maior concentração de moradores) existente no município, a Aldeia de São João de Peruíbe (da praia), estava em “estado de completo abandono sem igreja (sic), sem Vigário e até sem fregueses que na maior parte tem se mudado para diversos lugares desta Província”. Portanto, concluem eles, sem condições de ser elevado à condição de Vila. 
Em 1837 apareceram nos matos do território, os chamados jaguanans (indivíduo dos jaguanas Yaguana, povo indígena extinto que habitava a margem esquerda do rio Amazonas, na confluência com o rio Japurá AM), que emigravam das margens do rio Paraguai, dirigindo-se a oeste, onde, por antigas tradições, deviam achar o fim da terra. Mais de trinta anos já tinham decorrido desde que haviam principiado a viagem. O certo é que de todos os indivíduos que compunham então a tribo, só restava dois que haviam visto as terras do Paraguai: o Cacique e um velho guerreiro, cheio de cicatrizes chamado Sebastião.
Em 1852, recebeu sua primeira "Cadeia Educacional" para o sexo masculino, e, em 1871, para o sexo feminino. Sua população era maior que a de Itanhaém, porém o censo informava somente o total da população entre os municípios vizinhos, os quais pertenciam ao município de Itanhaém.
Durante o Segundo Império a região é atravessada pelo  Correio do Imperador, unindo as regiões sul e sudeste do país, eram levadas encomendas, pólvora, armas e as ordens do capitão mor. Cursando e melhorando a antiga trilha dos índios, nasceu a primeira via oficial em 1864, sendo utilizada pelos voluntários da Guerra do Paraguai.  A Rede de Telégrafo Nacional é instalada, e a fixação dos postes do telégrafo vai até na ilha do Cardoso. A trilha hoje  ainda se conserva na Reserva Ecológica da Juréia, quando postes de telégrafo carcomidos pela ferrugem se misturam à mata espessa, seguindo a costa, rumo ao sudoeste.

Sua finalidade era tirar esmolas para custear parte da festa e ao mesmo tempo levar as bênçãos do Divino e um pouco de alegria às residências humildes dos caiçaras e também às casas das famílias nobres. Um grupo de homens afeiçoados às tradições dirigido por um representante do festeiro, e um grupo  constituído de dois rabequistas, dois violeiros, um tambor e dois meninos para a primeira voz. Partia da Vila de Conceição em direção à atual cidade de Mongaguá, ponto inicial, de preferência num sábado, pois o dono do sítio Mongaguá aproveitava a oportunidade para oferecer concorrido fandango (nome que se dava no litoral ao bate-pé do interior do Estado de São Paulo). A festa tinha duração de três dias, pois só terminava na segunda feira, quando havia distribuição de pão bento, coleta de esmolas e procissão à tarde. Após a cerimônia o sorteio dos festeiros para o próximo ano, leilão de prendas, queima de fogos.
Por efeito da Lei Estadual nº1.021, de 6 de Novembro de 1906, o Município de Conceição de Itanhaém tomou o nome de Município de Itanhaém, e, pela Lei Estadual nº 1038, de 19 de Dezembro deste ano, a sede Municipal foi elevada à categoria de Cidade. Itanhaém começa a se tornar o grande produtor de bananas, época áurea em que têm início as fazendas, deixando a faixa litorânea e partindo para o interior do município, que na época abrangia os de Itariri, Mongaguá e Peruíbe.

No ano de 1.914, vem a estrada de ferro e com ela os primeiros imigrantes. No entanto, verifica-se que o avanço comercial no litoral sul, inclusive Peruíbe, data da década de trinta, exatamente quando ocorreu a crise cafeeira que implicou numa diversificação agrícola, aliada a uma liberação da força de trabalho que, em parte, pode ter se dirigido à área, intensificando, assim, a procura de terras para o plantio da nova opção agrícola.

No início do século XX, deu-se a construção da estrada de ferro da Southern São Paulo Railway Company, a 21 de dezembro de 1913 (para logo depois tornar-se Estrada de Ferro Sorocabana. A 17 de janeiro de 1914 foi inaugurado o primeiro trecho da ferrovia, predisposta à penetração da zona litorânea sul-paulista, transpondo em seus trilhos ora matas ainda virgens localizadas em seguimentos aos manguezais do lagamar de São Vicente, ora desviando-se para as capoeiras praianas, numa região em grande parte ainda desconhecida, vítima do tradicional esquecimento. 
Esse primeiro trecho inaugurado começava na cidade de Santos, ponto inicial da ferrovia, terminando em Itanhaém. Até meados dos anos 40, a estrada de ferro constituía quase o único meio de comunicação por não se poder contar como certos outros caminhos entre os quais principalmente: a praia extensa desde Praia Grande até Itanhaém. 
Durante o dia carros de carga transitavam para Santos transportando continuamente grandes quantidades de cachos de bananas. O ponto fraco da Estrada de Ferro era a ponte sobre o rio Itanhaém. 

Essa ponte que dava passagem unicamente para trens, para anos mais tarde os carros, media 130m de comprimento, tendo os dormentes descobertos e era de largura suficiente para dar passagem a apenas uma composição. De um dos lados da linha os dormentes se achavam protegidos por duas pranchas de 30cm de largura que serviam para trânsito de pedestres em horário que não fossem de passagens de trens.
De um lado e de outro da Estrada de Ferro encontrava-se exclusivamente capoeira e pouquíssimas casas até a estação de Peruíbe; as habitações eram na maioria casas dos operários da Sorocabana, uma ou outra cabana de pescadores caiçaras. 

 A Estrada de ferro foi de grande importância, serviu de veia para o progresso da região na época áurea da banana, sendo seu escoamento feito através da linha férrea até o Porto de Santos. A mesma linha férrea serviu muito tempo para os serviços de correio, uma carta de Itanhaém a São Paulo, demorava na década de 50, para alcançar seu destino cerca de uma semana.

De acordo com as divisões administrativas do Brasil, referentes aos anos de 1911 a 1933, as territoriais datadas de 31 de Dezembro de 1936 e 31 de Dezembro de 1937, e, conforme o quadro anexo ao decreto-lei Estadual nº 9073, de 31 de Março de 1938, (o município de Itanhaém figurou apenas como o distrito de igual nome) (Sinopse Estatística - IBGE) e por força do decreto-lei Estadual nº 9775, de 30 de Novembro de 1938, Itanhaém perdeu parte do seu território para a formação do Distrito de Itariri, ficando, conseqüentemente, o município com dois distritos, Itanhaém e Itariri. A Lei nº 233, de 24 de Dezembro de 1948, criou o município de Itariri, por desdobramento territorial do município de Itanhaém.

Por disposições da lei nº 5282, de 18 de Fevereiro de 1959, o território de Itanhaém foi novamente desmembrado para formação dos Municípios de Mongaguá e Peruíbe.
Desde o início do século, milhares de pessoas procuravam as praias da Baixada Santista. O adensamento desta população turística leva à procura de novas praias, tendo como uma das opções a direção sul. Só a partir dos anos cinqüenta, no entanto, é que Itanhaém/Peruíbe  passam a ser procuradas mais freqüentemente pelos veranistas.
Com a crescente saturação e deterioração das praias santistas, a ocupação turística em Peruíbe aumenta, a atividade imobiliária, passa a receber novos investidores no comércio, auxiliada pela melhoria nas condições de tráfego da área.  A Via Anchieta teve sua primeira pista terminada em 1947 e a segunda em 1950, enquanto que a Rodovia Padre Manoel da Nóbrega, que liga Santos a Peruíbe teve sua obra iniciada em 1951, mas que ficou paralisada até o final da década, sendo inaugurada somente nos anos sessenta.

A partir de 1960, com a conclusão da BR-116, a bananicultura impõe-se como principal linha produtiva, seja em área cultivada, em valor da produção, em consumo de bens capital, seja em mão-de-obra.
O Acordo Nuclear Brasil-Alemanha  assinado pelo presidente Ernesto Geisel no dia 27 de junho de 1975  prometia uma verdadeira revolução nesse campo. Com os alemães, o Brasil teria a oportunidade de adquirir conhecimentos tecnológicos só conquistados por países do Primeiro Mundo. O acordo tinha relevância econômica: previa a construção de oito usinas nucleares, pois o governo esperava sérios blecautes a partir da década de 80. Sendo que uma delas seria implantada na Juréia. O pavor assolou toda a população, pois ninguém gostaria de ter como vizinho uma usina. 
Pelo impacto de tal notícia e pela resistência da sociedade organizada os equipamentos que seriam usados em Peruíbe estão a mercê em Angra 3 e o que era terrível, devastador transformou-se área de preservação.
O enriquecimento de famílias nacionais e estrangeiras na lavoura, comércio e indústria, as férias e as prescrições médicas possibilitaram e difundiram o hábito veranear no litoral.Com o incremento do turismo, ocorre que, de um lado, a população rural passa a ter relações com a população flutuante, à medida que esta se apresenta potencialmente consumidora de alguns de seus produtos: banana - ouro, palmitos e frutas tropicais (caju, carambola e outras). De outro, a mesma população flutuante tem necessidade de serviços urbanos, do chamado comércio informal, que carece de força de trabalho adicional, de serviços de limpeza de casa, de jardineiros, de guardas - noturnos, de balconistas de bar... - força de trabalho que, em parte, é fornecida pelos filhos dos sitiantes.
Ainda com o desenvolvimento da função turística, ocorre uma nova valorização das terras da área. Como resultado, temos a conseqüente expulsão daquele morador que se encontrava nas proximidades da orla marítima. Esses moradores buscam o caminho da serra para a nova instalação de seus sítios: apossam-se da terra, constroem suas habitações e reiniciam o processo.
Num verdadeiro calidoscópio o turismo gerou sítios de lazer na baixada, onde as cercas e pedras pintadas de branco, os jardins com flores, a piscina e a bela casa de alvenaria contrastam com os sítios de posse interioranos, com suas casas de pau - a - pique, com o bananal verde claro incrustado no verde mais escuro da mata atlântica.
Finalmente, em 22 de junho de 1974, através da Lei Estadual, Peruíbe passou a ser reconhecida como Estância Balneária, devido à suas peculiaridades naturais.